在思明區思明南路南端，五老峰山下。是寺前身稱“普照寺”，又稱“普照院”。明萬歷《泉州府志》云：“普照院，在嘉禾里二十二都海島中五峰山。五代僧清浩建。洪武乙丑(抄者按：即洪武十八年，1385)僧覺光重建?！鼻迩　度莞尽吩疲骸捌照赵?，在廈門海島五峰中。五代僧清浩建，初名‘泗洲’，治平間(1064—1067)改今名(按治平間為僧文翠居此，改稱無盡巖，舊志均無改稱普照院之說。上述改普照之說，出于何喬遠《閩書》將覺光斷臂和尚之稱，移稱文翠為斷臂和尚之誤。詳見本志《概述》)。元至元間(1264—1294)廢。明洪武間(1368—1398)，僧覺光復建……”。

明代后期，寺田為豪右兼并，錢糧不足繳國課，歲入不足供香燈，至崇禎中(1628—1644)，住持僧了蘊幾欲棄寺而去。泉州開元寺詩僧明光來廈駐錫，與名士阮旻錫、葉名高等唱和，交往甚密，因得諸名士支持，鄉紳太常寺卿林宗載將其家族所購寺產一石八斗田地歸還寺院，使普照寺香燈不滅，振作中興，殿堂初具規模。

明末清初，普照寺毀于兵燹。清康熙二十二年(1683)，靖海侯施瑯收復臺灣后駐廈門，就普照寺舊址復建殿宇，并增建大悲閣，辟為觀音菩薩道場，與浙江普陀山觀音道場相類比，改稱為“南普陀寺”。聘請臨濟宗三十五世傳人慧日法師為開山第一代祖師。此后，經歷代住持僧如淵、景峰、省己、真衷、喜參等，以及興泉永道道尹胡世銓等地方官員，多次募資新修擴建。到光緒二十一年(1895)，已建成“三殿七堂”，具備中等禪寺規模，居廈門島上諸佛寺的首位。

南普陀寺歷來是臨濟宗喝云派下子孫寺院。民國十三年(1924)，喝云法裔住持轉逢和尚，立意將南普陀寺獻為十方叢林，經商請本派系諸山長老和兩序僧眾的同意，按“選賢任能”的叢林規制，推舉黃蘗宗系的會泉和尚為首任方丈。第二年，會泉在轉逢的支持協助下就寺中創辦閩南佛學院。聘請安徽常惺法師擔任學院副院長，全面負責學院教育工作。二十三年又接受弘一法師的倡議創辦佛教養正院。從此，南普陀不僅成為迎納十方高僧大德的叢林禪寺，同時也成為省內外青年學僧向往的參修學苑。海內高僧大德云集，十方參修學僧競聚。禪林學苑并此稱盛一時，馳名中外。

民國十六年(1927)，會泉首屆方丈任滿，自請退居，公推太虛大師繼任方丈兼學院院長。當時太虛正擔任中國佛教會主席職務，對推行佛教改革和改進僧伽教育極為重視。他來廈門就職后，聘請大醒、芝峰、寄塵諸法師來閩南佛學院負責教務工作。大醒諸師追隨太虛多年，是太虛推行佛教改革的得力助手，對僧伽教育也有一定的實踐經驗。他們來任后，將禪寺和學院作為他們推行佛教改革和改進僧伽教育的實驗基地，積極開展工作，并于十七年創辦《現代僧伽》雜志，以廣宣傳，在國內外產生較大的影響，引起海內外佛教界的重視。

民國二十一年(1932)，太虛大師蟬聯兩任方丈期滿引退，眾推常惺繼任方丈。二十五年常惺任滿，由性愿代方丈職務。不久，性愿應聘南渡菲律賓宏法。丈席仍由性愿虛掛。

民國二十六年(1937)，抗戰爆發，南普陀寺一度被駐軍占住。時戰火日迫廈門。閩南佛學院遭日機轟炸，寺中住僧和學院師生紛紛避入內地或出國。二十七年5月廈門淪陷后，先后由覺斌、會覺住持。但此時寺院已是僧眾稀落，寺宇蕭條，戰前的盛況已成為過眼煙云和歷史陳跡。

抗戰勝利后，避居內地或出國的僧眾陸續復員歸寺。民國三十六年(1947)，公推廣心和尚任方丈。三十七年，南普陀寺為性愿法師六十大壽舉辦三壇傳戒大法會，來自海內外求戒的緇素佛教徒1000多人參加受戒大典。濟濟滿堂，極一時之盛。但不久由于時局緊張，集居僧眾又煙消云散，南普陀寺又復凋零。

新中國建立后，人民政府先后撥出巨款翻修寺宇殿堂，還在寺的右側開鑿“般若池”，后山新建轉逢、會泉和尚的紀念塔。寺僧通過學習國家政策，提高政治覺悟，自覺地參加建國初的各項愛國運動，開展生產勞動以自食其力；同時將原來的佛教養正院改辦為養正義務小學，免費招收附近學童入學。1958年，廈門對佛教寺院進行合并，各寺僧眾集居南普陀寺。1966年“文化大革命”中，寺中宗教設施受到嚴重破壞，寺院住僧遭受猛烈沖擊，紛紛離散，另謀生路。

1980年，中共十一屆三中全會召開以后，國家“撥亂反正”，全面落實宗教政策，南普陀寺再次發展興盛起來。1982年，南普陀寺成立管理委員會，妙湛和尚任管委會主任兼任寺務監院，1988年又由廈門佛教協會公推為南普陀寺第八任方丈。妙湛和尚升座后，妥善安置十年流散來歸的僧眾，重整禪林法規，主持翻修擴建寺宇，復辦閩南佛學院，使千年古剎重放光彩，迎來一派興隆發展的新氣象。

1994年12月，成立南普陀寺慈善基金會，是為中國大陸佛教寺院創辦的慈善機構之首。

1995年12月，南普陀寺方丈、廈門市佛教協會會長妙湛老和尚圓寂，翌年8月，兩序大眾一致推選全國佛教協會副會長圣輝大和尚為南普陀寺第九任方丈，12月，新任方丈圣輝大和尚率領監院理文法師、定恒法師前往新加坡、日本、香港開展弘法和訪問活動。1998年5月27日至6月4日，南普陀寺啟建50年來規模最大的水陸大法會。9月5日，在南普陀寺的盂蘭盆法會上，圣輝大和尚發起對長江、嫩江、松花江等災區捐獻救濟。1999年4月，荷蘭女王貝婭特麗克絲一行來寺參觀訪問，方丈圣輝大和尚熱情接待。5月，圣輝大和尚參加中國佛教代表團，護送佛牙舍利至香港供眾瞻仰。2000年元月，圣輝大和尚蟬聯南普陀寺第十任方丈。是年接待丹麥首相斯穆森、韓國佛教界、厄瓜多爾國民議會、羅馬尼亞議長昆圖斯及夫人等國家訪問團。

自20世紀80年代以來，由政府撥款和海外佛教界緇素人士捐助巨資，對南普陀寺進行全面的翻修擴建和新建。新建工程有：寺外左右兩側兩座巍峨的花崗巖大山門；砌造環繞全寺四周的大圍墻，寺前開鑿蓮花池，池畔增建池亭水閣和七座白石寶塔；天王殿前兩座高聳的東西萬壽寶塔，塔身通體潔白，蘊含生氣，象征佛禪境界；雙塔分立在天王殿前兩側，俯覽全寺，不僅成為規范全寺的坐標，也填補了千百年來廈門島上有寺無塔(指大佛塔)的歷史空白；寺宇中軸線東側拓建海會樓、普照樓和素食館、僧舍，西側新建、拓建方丈樓、太虛圖書館、學院教學樓、師生宿舍樓、佛教協會辦公樓；西外側坡地上新建兩座雅靜的上客堂樓房；1993年，在寺右原般若池側興建一座造型新穎、結構嚴謹的八角琉璃黃瓦的三層大禪堂，左右“班首樓”、慈善大樓；寺后山上增建“圓通陵園”，景峰、喜參、妙湛、廣洽幾位和尚的舍利塔，蘇亭、衡陽亭、盧亭等；近年新建的太虛大師舍利塔，屹立于全寺最高處的山陽上，塔上題銘、刻像和勒石題詞皆出自當代高士名人手筆，贊頌大師生平行跡，以供后人瞻仰，俾使一代高僧與名山古寺同為不朽。

10多年來，南普陀寺新建、拓建的樓、院、亭、閣，建筑總面積相當原來寺宇的一倍以上。在總體規劃中力求布局嚴整，規格統一。寺內所有新建、拓建的樓、堂、院、舍，以及園林設計的亭、榭、臺、閣，莫不以中軸線上的大雄寶殿為依歸，有如眾星拱月，高低起伏，錯落有致，檐牙雀角，遙相呼應，形成一個宏偉的整體，既突出梵宇琳宮的崇偉莊嚴，又不失山水園林的秀麗雅趣。

五老峰，原為廈門島上八大勝景之一，雅稱“五老凌霄”。名山古寺，早已馳名中外，為海內外游客、信眾旅游朝拜的勝地。廈門辟為經濟特區后，國內外各界人士交流往來日益頻繁，來自世界各地和國內四方的游客、信眾絡繹不絕。據統計，近年來南普陀寺每年接待來自海內外的信徒、游客、嘉賓均在200萬人次以上。

20世紀80年代以來，黨和國家主要領導人，每來廈門視察，南普陀寺成為其必到之地，如李先念、趙紫陽、華國峰、劉華清、喬石、胡啟立、王漢斌、王光英、倪志福、葉飛、阿沛·阿旺晉美、乃至方毅、田紀云、谷牧等副總理以上的國家領導人，先后來此視察達30多人次。

此外，還有許多友好國家的首腦人物先后來南普陀寺參訪，如丹麥王國首相拉斯穆森、荷蘭女王貝婭特麗克絲、泰國副總理蘇帕猜、泰國王儲瑪哈立集拉隆功、馬耳他共和國總統巴巴拉、柬埔寨主席諾羅敦·西哈努克親王夫婦等等。為做好對中外往來嘉賓和各地游客的接待，南普陀寺內增置多種為旅游服務的設施，如高雅的客堂、清凈的茶室、供應旅游物資的商店等。其中最受游客稱譽的還有南普陀寺的“名廚素菜”。南普陀寺的名廚素菜獨樹一幟，名聞中外，素菜遵循佛教素食的傳統，堅持素菜、素料、素作和素名的嚴格要求，所做菜肴，質料純凈精美，色、香、味、形俱全，命名清新高雅，宴會廳布局雅致，不僅得到海內外游客的高度評價，也激發許多文人高士的豪情雅興，為佳肴美味題詩命名，如當代詩人郭沫若為菜譜題詩命名的“半月沉江”，中國佛協會會長趙樸初題名的“絲雨菰云”。佳饌名題相媲美，更是膾炙人口，中外馳名。