在思明區(qū)思明南路南端，五老峰山下。是寺前身稱“普照寺”，又稱“普照院”。明萬歷《泉州府志》云：“普照院，在嘉禾里二十二都海島中五峰山。五代僧清浩建。洪武乙丑(抄者按：即洪武十八年，1385)僧覺光重建?！鼻迩　度莞尽吩疲骸捌照赵?，在廈門海島五峰中。五代僧清浩建，初名‘泗洲’，治平間(1064—1067)改今名(按治平間為僧文翠居此，改稱無盡巖，舊志均無改稱普照院之說。上述改普照之說，出于何喬遠(yuǎn)《閩書》將覺光斷臂和尚之稱，移稱文翠為斷臂和尚之誤。詳見本志《概述》)。元至元間(1264—1294)廢。明洪武間(1368—1398)，僧覺光復(fù)建……”。

明代后期，寺田為豪右兼并，錢糧不足繳國課，歲入不足供香燈，至崇禎中(1628—1644)，住持僧了蘊(yùn)幾欲棄寺而去。泉州開元寺詩僧明光來廈駐錫，與名士阮旻錫、葉名高等唱和，交往甚密，因得諸名士支持，鄉(xiāng)紳太常寺卿林宗載將其家族所購寺產(chǎn)一石八斗田地歸還寺院，使普照寺香燈不滅，振作中興，殿堂初具規(guī)模。

明末清初，普照寺毀于兵燹。清康熙二十二年(1683)，靖海侯施瑯收復(fù)臺灣后駐廈門，就普照寺舊址復(fù)建殿宇，并增建大悲閣，辟為觀音菩薩道場，與浙江普陀山觀音道場相類比，改稱為“南普陀寺”。聘請臨濟(jì)宗三十五世傳人慧日法師為開山第一代祖師。此后，經(jīng)歷代住持僧如淵、景峰、省己、真衷、喜參等，以及興泉永道道尹胡世銓等地方官員，多次募資新修擴(kuò)建。到光緒二十一年(1895)，已建成“三殿七堂”，具備中等禪寺規(guī)模，居廈門島上諸佛寺的首位。

南普陀寺歷來是臨濟(jì)宗喝云派下子孫寺院。民國十三年(1924)，喝云法裔住持轉(zhuǎn)逢和尚，立意將南普陀寺獻(xiàn)為十方叢林，經(jīng)商請本派系諸山長老和兩序僧眾的同意，按“選賢任能”的叢林規(guī)制，推舉黃蘗宗系的會泉和尚為首任方丈。第二年，會泉在轉(zhuǎn)逢的支持協(xié)助下就寺中創(chuàng)辦閩南佛學(xué)院。聘請安徽常惺法師擔(dān)任學(xué)院副院長，全面負(fù)責(zé)學(xué)院教育工作。二十三年又接受弘一法師的倡議創(chuàng)辦佛教養(yǎng)正院。從此，南普陀不僅成為迎納十方高僧大德的叢林禪寺，同時也成為省內(nèi)外青年學(xué)僧向往的參修學(xué)苑。海內(nèi)高僧大德云集，十方參修學(xué)僧競聚。禪林學(xué)苑并此稱盛一時，馳名中外。

民國十六年(1927)，會泉首屆方丈任滿，自請退居，公推太虛大師繼任方丈兼學(xué)院院長。當(dāng)時太虛正擔(dān)任中國佛教會主席職務(wù)，對推行佛教改革和改進(jìn)僧伽教育極為重視。他來廈門就職后，聘請大醒、芝峰、寄塵諸法師來閩南佛學(xué)院負(fù)責(zé)教務(wù)工作。大醒諸師追隨太虛多年，是太虛推行佛教改革的得力助手，對僧伽教育也有一定的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。他們來任后，將禪寺和學(xué)院作為他們推行佛教改革和改進(jìn)僧伽教育的實(shí)驗(yàn)基地，積極開展工作，并于十七年創(chuàng)辦《現(xiàn)代僧伽》雜志，以廣宣傳，在國內(nèi)外產(chǎn)生較大的影響，引起海內(nèi)外佛教界的重視。

民國二十一年(1932)，太虛大師蟬聯(lián)兩任方丈期滿引退，眾推常惺繼任方丈。二十五年常惺任滿，由性愿代方丈職務(wù)。不久，性愿應(yīng)聘南渡菲律賓宏法。丈席仍由性愿虛掛。

民國二十六年(1937)，抗戰(zhàn)爆發(fā)，南普陀寺一度被駐軍占住。時戰(zhàn)火日迫廈門。閩南佛學(xué)院遭日機(jī)轟炸，寺中住僧和學(xué)院師生紛紛避入內(nèi)地或出國。二十七年5月廈門淪陷后，先后由覺斌、會覺住持。但此時寺院已是僧眾稀落，寺宇蕭條，戰(zhàn)前的盛況已成為過眼煙云和歷史陳跡。

抗戰(zhàn)勝利后，避居內(nèi)地或出國的僧眾陸續(xù)復(fù)員歸寺。民國三十六年(1947)，公推廣心和尚任方丈。三十七年，南普陀寺為性愿法師六十大壽舉辦三壇傳戒大法會，來自海內(nèi)外求戒的緇素佛教徒1000多人參加受戒大典。濟(jì)濟(jì)滿堂，極一時之盛。但不久由于時局緊張，集居僧眾又煙消云散，南普陀寺又復(fù)凋零。

新中國建立后，人民政府先后撥出巨款翻修寺宇殿堂，還在寺的右側(cè)開鑿“般若池”，后山新建轉(zhuǎn)逢、會泉和尚的紀(jì)念塔。寺僧通過學(xué)習(xí)國家政策，提高政治覺悟，自覺地參加建國初的各項(xiàng)愛國運(yùn)動，開展生產(chǎn)勞動以自食其力；同時將原來的佛教養(yǎng)正院改辦為養(yǎng)正義務(wù)小學(xué)，免費(fèi)招收附近學(xué)童入學(xué)。1958年，廈門對佛教寺院進(jìn)行合并，各寺僧眾集居南普陀寺。1966年“文化大革命”中，寺中宗教設(shè)施受到嚴(yán)重破壞，寺院住僧遭受猛烈沖擊，紛紛離散，另謀生路。

1980年，中共十一屆三中全會召開以后，國家“撥亂反正”，全面落實(shí)宗教政策，南普陀寺再次發(fā)展興盛起來。1982年，南普陀寺成立管理委員會，妙湛和尚任管委會主任兼任寺務(wù)監(jiān)院，1988年又由廈門佛教協(xié)會公推為南普陀寺第八任方丈。妙湛和尚升座后，妥善安置十年流散來歸的僧眾，重整禪林法規(guī)，主持翻修擴(kuò)建寺宇，復(fù)辦閩南佛學(xué)院，使千年古剎重放光彩，迎來一派興隆發(fā)展的新氣象。

1994年12月，成立南普陀寺慈善基金會，是為中國大陸佛教寺院創(chuàng)辦的慈善機(jī)構(gòu)之首。

1995年12月，南普陀寺方丈、廈門市佛教協(xié)會會長妙湛老和尚圓寂，翌年8月，兩序大眾一致推選全國佛教協(xié)會副會長圣輝大和尚為南普陀寺第九任方丈，12月，新任方丈圣輝大和尚率領(lǐng)監(jiān)院理文法師、定恒法師前往新加坡、日本、香港開展弘法和訪問活動。1998年5月27日至6月4日，南普陀寺啟建50年來規(guī)模最大的水陸大法會。9月5日，在南普陀寺的盂蘭盆法會上，圣輝大和尚發(fā)起對長江、嫩江、松花江等災(zāi)區(qū)捐獻(xiàn)救濟(jì)。1999年4月，荷蘭女王貝婭特麗克絲一行來寺參觀訪問，方丈圣輝大和尚熱情接待。5月，圣輝大和尚參加中國佛教代表團(tuán)，護(hù)送佛牙舍利至香港供眾瞻仰。2000年元月，圣輝大和尚蟬聯(lián)南普陀寺第十任方丈。是年接待丹麥?zhǔn)紫嗨鼓律㈨n國佛教界、厄瓜多爾國民議會、羅馬尼亞議長昆圖斯及夫人等國家訪問團(tuán)。

自20世紀(jì)80年代以來，由政府撥款和海外佛教界緇素人士捐助巨資，對南普陀寺進(jìn)行全面的翻修擴(kuò)建和新建。新建工程有：寺外左右兩側(cè)兩座巍峨的花崗巖大山門；砌造環(huán)繞全寺四周的大圍墻，寺前開鑿蓮花池，池畔增建池亭水閣和七座白石寶塔；天王殿前兩座高聳的東西萬壽寶塔，塔身通體潔白，蘊(yùn)含生氣，象征佛禪境界；雙塔分立在天王殿前兩側(cè)，俯覽全寺，不僅成為規(guī)范全寺的坐標(biāo)，也填補(bǔ)了千百年來廈門島上有寺無塔(指大佛塔)的歷史空白；寺宇中軸線東側(cè)拓建海會樓、普照樓和素食館、僧舍，西側(cè)新建、拓建方丈樓、太虛圖書館、學(xué)院教學(xué)樓、師生宿舍樓、佛教協(xié)會辦公樓；西外側(cè)坡地上新建兩座雅靜的上客堂樓房；1993年，在寺右原般若池側(cè)興建一座造型新穎、結(jié)構(gòu)嚴(yán)謹(jǐn)?shù)陌私橇鹆S瓦的三層大禪堂，左右“班首樓”、慈善大樓；寺后山上增建“圓通陵園”，景峰、喜參、妙湛、廣洽幾位和尚的舍利塔，蘇亭、衡陽亭、盧亭等；近年新建的太虛大師舍利塔，屹立于全寺最高處的山陽上，塔上題銘、刻像和勒石題詞皆出自當(dāng)代高士名人手筆，贊頌大師生平行跡，以供后人瞻仰，俾使一代高僧與名山古寺同為不朽。

10多年來，南普陀寺新建、拓建的樓、院、亭、閣，建筑總面積相當(dāng)原來寺宇的一倍以上。在總體規(guī)劃中力求布局嚴(yán)整，規(guī)格統(tǒng)一。寺內(nèi)所有新建、拓建的樓、堂、院、舍，以及園林設(shè)計(jì)的亭、榭、臺、閣，莫不以中軸線上的大雄寶殿為依歸，有如眾星拱月，高低起伏，錯落有致，檐牙雀角，遙相呼應(yīng)，形成一個宏偉的整體，既突出梵宇琳宮的崇偉莊嚴(yán)，又不失山水園林的秀麗雅趣。

五老峰，原為廈門島上八大勝景之一，雅稱“五老凌霄”。名山古寺，早已馳名中外，為海內(nèi)外游客、信眾旅游朝拜的勝地。廈門辟為經(jīng)濟(jì)特區(qū)后，國內(nèi)外各界人士交流往來日益頻繁，來自世界各地和國內(nèi)四方的游客、信眾絡(luò)繹不絕。據(jù)統(tǒng)計(jì)，近年來南普陀寺每年接待來自海內(nèi)外的信徒、游客、嘉賓均在200萬人次以上。

20世紀(jì)80年代以來，黨和國家主要領(lǐng)導(dǎo)人，每來廈門視察，南普陀寺成為其必到之地，如李先念、趙紫陽、華國峰、劉華清、喬石、胡啟立、王漢斌、王光英、倪志福、葉飛、阿沛·阿旺晉美、乃至方毅、田紀(jì)云、谷牧等副總理以上的國家領(lǐng)導(dǎo)人，先后來此視察達(dá)30多人次。

此外，還有許多友好國家的首腦人物先后來南普陀寺參訪，如丹麥王國首相拉斯穆森、荷蘭女王貝婭特麗克絲、泰國副總理蘇帕猜、泰國王儲瑪哈立集拉隆功、馬耳他共和國總統(tǒng)巴巴拉、柬埔寨主席諾羅敦·西哈努克親王夫婦等等。為做好對中外往來嘉賓和各地游客的接待，南普陀寺內(nèi)增置多種為旅游服務(wù)的設(shè)施，如高雅的客堂、清凈的茶室、供應(yīng)旅游物資的商店等。其中最受游客稱譽(yù)的還有南普陀寺的“名廚素菜”。南普陀寺的名廚素菜獨(dú)樹一幟，名聞中外，素菜遵循佛教素食的傳統(tǒng)，堅(jiān)持素菜、素料、素作和素名的嚴(yán)格要求，所做菜肴，質(zhì)料純凈精美，色、香、味、形俱全，命名清新高雅，宴會廳布局雅致，不僅得到海內(nèi)外游客的高度評價，也激發(fā)許多文人高士的豪情雅興，為佳肴美味題詩命名，如當(dāng)代詩人郭沫若為菜譜題詩命名的“半月沉江”，中國佛協(xié)會會長趙樸初題名的“絲雨菰云”。佳饌名題相媲美，更是膾炙人口，中外馳名。