原名“寶山巖”，又名“董內巖”。在思明區金榜南路1號，舊屬禾山梧村社董內。以巖形肖“向天獅”，為禾嶺十八獅之一，其地復稱“社后向天獅”。傳說明末里人吳善士掘土得寶，因就地建寺供佛。清康熙年間(1662—1722)，有光隱和尚竹杖斗笠，飄然飛錫，數年間重興梵宮柰苑。平日除誦經修持外，率徒窮耕力食，不與人世爭名利，獨著高風。釋光隱積46年衣缽之資購置田園，以為本巖子孫齋糧。巖左后方有“圣泉”石刻，巖下石罅中清泉涓流，據清乾隆《嘉禾名勝記》載：“寶山巖……地甚幽僻，旁有泉，曰‘圣泉’，相傳宋幼主嘗掬飲之。”巖后山有古道，清嘉慶二十五年(1815)，鄉人張永標出資修造，自董內巖邊起，至向天獅山后止，并自為題記，勒石于后山“古道春蔭”附近崖石上。寺后有天然洞穴名“白云洞”，為歷代高僧隱居靜修之所。民國十六年(1927)，退位總統黎元洪應寶山巖住持釋明心之請，為題“白云洞”。在此前后，十方善信鳩資重修。二十八年，釋妙正皈依曹洞宗覺斌和尚，為巖寺主持。時住寺僧侶1人，居士1人，傭工1人，寺院占地566.75平方米。后來轉換為黃檗宗僧人住持。

1991年市政府批準為開放寺廟，翌年劃撥近5000平方米為修復用地。1994年，臺灣香光尼眾佛學院院長比丘尼悟因尼師捐贈人民幣200萬元，建造紫竹林寺大雄寶殿。1996年市政府復撥2000多平方米山地，作為閩南佛學院尼眾部配套設施用地，新加坡、香港鐘氏家族鐘江海、鐘明輝、鐘輝煌、鐘瓊林、鐘順德及其夫人鐘陳淑琴諸大德居士捐贈人民幣650萬元，肇建教學樓、學生宿舍樓、法師樓、常住樓、五觀堂等5座樓房。1998年，鐘氏家族又捐款200萬元，建造建筑面積為1600平方米的學院圖書館。至是，作為閩南佛學院尼眾部紫竹林寺占地總面積17800平方米，嚴嚴翼翼，蔚然大觀。

新建紫竹林寺是一座園林式的寺院和學院，周圍重崗疊阜，鳳翥龍蟠，滿山相思叢生，樹茂林密。大雄寶殿高踞山阿，坐東朝西，五開間五進深，外表歇山三檐三層，實則兩層，雄偉豪邁。大殿之右為鐘林美樓，即學院后勤部法師樓，3層，東端一亭屹立；大殿之左為鐘葉榮華樓，即學院尼眾學員宿舍樓，4層；宿舍樓南側為鐘林儉樓，即學院教學樓，曲尺形，三層，兩端層層收分，三樓之上加蓋廊亭。宿舍樓與教學樓之間為寬敞的庭院。山門左上方為鐘王丕樓，即任課教師宿舍樓，四層；山門通大雄寶殿是一條有三級臺地數十級踏步遞進向上的臺階，臺階左側鐘林快樓依山而建，前部四層，后面兩層，色彩明快。臺階右側為學院五觀堂，上下兩層，利用山勢地形構建。