別傳寺位于丹霞山中層。始建于清康熙元年(公元1662年)，李充茂把現址施舍出來建寺廟，請澹歸主其事。澹歸禪師是開山祖師，取靈山會上世尊拈花迦葉微笑之典故，名為“別傳禪寺”，“別傳”是指迦葉尊者所領會的心法乃是“教外別傳”，不在文字之中，只能是佛與佛口傳心印，后來請番禺海云寺天然禪師上山傳法，一“海云寺”遙相呼應，禪文并舉，詩唱偈和，為“不立文字，教外別傳”做出了“目空今古道風孤，世出世間扶正氣”的詮釋。別傳寺挾風云之勢，禪風遠播，鼎盛時住僧千眾以上。萬古丹霞，始得鐘鳴板響，梵唱贊吟。曾與曹溪南華禪寺、乳源云門禪寺鼎足而立，成為粵北著名禪寺。

別傳寺自建成后曾幾經兵劫和火災，許多殿宇只留下遺跡。只有殘存于山門石壁上刻的大字“丹霞”、“至此心隱心”、“法海慈航”、“誕先登岸”、“禪林第一”、“紅塵不到”、“赤城千仞”等。1980年，本煥禪師到此住持，募集了港澳和海內外同胞的捐款，重建了別傳禪寺。其中包括大雄寶殿、天王殿、鐘樓、鼓樓、禪堂、念佛堂、三圣殿、觀音堂、菩提精舍、客堂、齋堂以及僧舍等十多座建筑。這些建筑背靠長老峰，面對云海，前后相連，左右對稱，渾然一體紅墻黃瓦，斗拱飛檐，古樸而莊嚴。別傳寺的修復，佳音傳四海，友誼遍天涯，海內外佛教人士慕名而來。上海、遼寧、湖北、四川及廣州、順德、中山、香港、澳門等地的信徒來拜佛、訪師、叩首、獻香。1984年5月4日(農歷四月初四)開光，中外佛教徒絡繹不絕，給丹霞山風景區更添光彩，遠在美國的本煥法師的師兄壽冶法師，也不遠萬里風塵仆仆前來朝拜。1986年3月11日，原全國政協副主席、中國佛教協會主席趙樸初在省、市有關領導的陪同下，看望了本煥法師，游覽了丹霞風景，當他看到丹霞風景秀麗，廟宇莊嚴，欣然提筆作詩：“群峰羅立似兒孫，高坐丹霞一寺尊。定力能經桑海換，叢林尚有典型存。一爐柏子參禪味，七碗松濤覓夢痕。未得遍行堂集看，愿將半偈鎮山門。”

經過多年努力，先后修建了大雄寶殿、天王殿、鐘樓、鼓樓、禪堂、僧舍、客房等。90年代末，仁化縣政府將丹霞山半山萬余平方米土地和旅游設施移交給別傳寺，使別傳寺佛事活動場所進一步行擴大。目前，別傳寺佛事場館仍在不斷擴建之中。

目前的別傳寺紅墻碧瓦，斗拱飛檐，古樸而莊嚴。全寺背靠懸崖，面對云海、姐妹峰、童子拜觀音、茶壺峰、朝天龍，諸峰時隱時現，令人有飄飄欲仙之感。寺院附近有水清如鏡的“玉池倒影”；兩樹相連為一體的“鴛鴦樹”；青蔥悅目的“龍盤翠竹”；花香迷人的“雙池碧荷”，還有觀摩臺、天然巖洞等名勝，確是一處人間仙境。別傳寺現住有僧人近百人。他們在進行正常的佛事活動的同時，每天都要主持接待世界各地前來觀光、游覽、拜佛的游人和香客，香火鼎盛，對丹霞山旅游事業的發展起到了一定的促進作用。

每年農歷九月十三，別傳寺都舉行一年一度的水陸道場法會。別傳寺的佛事活動相當頻繁，重要的有梁皇懺、萬佛懺、凈土懺、地藏懺、大悲懺、水懺、藥師懺、焰口、普佛、水陸道場等，在諸多的佛事活動中，規模最大、影響最廣的就是水陸道場。

據佛教史料記載，水陸道場是由瑜伽法食演變而來的。瑜伽法食起源于公元前2533年的古印度，南北朝時期傳到中國。梁朝天監年間，梁武帝為祭祀病故的皇后娘娘，召集十萬僧眾，由大名鼎鼎的寶志公禪師當司儀，大舉佛事，超渡皇后到極樂世界。以后，每當大寺院舉行大的佛事活動時，梁武帝便帶領皇親國戚、朝廷官宦，車水馬龍、浩浩蕩蕩地到寺院里，虔誠地和僧尼們朝圣、祈拜。梁武帝繼承了釋伽牟尼十大弟子之一阿難尊者的瑜伽法食遺儀，博采佛教各大流派的精華，在佛教開創了水陸道場。

宋代文學家蘇東坡認為，水陸道場的慈悲之舉，功德廣大無邊，人人都要尊崇水陸道場。他還作詩十六首，歌頌水陸法會。從此以后，在相當長的歷史時期內，上至帝王將相，下至黎民百姓，沒有不尊崇水陸道場的。

佛教水陸儀軌中說“恩沾存歿，德被人天，總報四恩，感資三有，使法界眾生同園種智，如此祈禱，必蒙冥加”，充分體現了水陸道場的宗旨：一是拯救六道(天、人、地獄、阿修羅、惡鬼、畜牲)，沉淪眾生，祈禱世間和平，使一切生物脫離苦海；二是警醒世間的邪見，使眾生得到正見，改造一切迷途，使眾生獲得正等正覺。

釋本煥禪師坐禪別傳寺后，親手創辦了水陸道場。1986年10月16日(農歷九月十三)，是別傳寺創辦水陸道場的第一天。這一天，來自全國及港澳、海外的僧尼信徒2000多人參加水陸法會。下午3時正，鐘鼓樓發出了清越的鐘鼓聲，數百名僧尼身披袈裟匯集在一起。寺內到處是香、燭、花、燈，莊嚴而又華麗的如來幡安插在大雄寶殿兩旁，場面十分壯觀。僧尼們合十唱經，朗朗的經聲之潮拍打著秋日的晴空。善男信女手持香火，在佛像前虔誠地祈禱、還愿。按水陸儀軌規定，一堂水陸道場歷時七天，釋本煥禪師為弘揚佛事，從農歷九月十三至廿八日連續舉行了三堂水陸法會，為別傳寺振興佛事奠定了基礎。

別傳寺舉行的水陸道場嚴格遵照水陸儀軌的儀式，共設內壇、大壇、華嚴壇、楞嚴壇、凈土壇、諸經壇等七個經壇。大佛事分凈壇、大會會經、正式開始水陸法會儀式三大步驟進行。主要內容有結界、發符、懸幡、請上堂、上堂沐浴、上堂安位、供上堂、告赦、請下堂、說冥戒、供下堂、上圓滿供、燒圓滿香、送判宣疏、送圣符。