慈恩寺位于遼寧省沈陽市沈河區南大街三段，東臨萬泉河，有萬柳塘公園、帶狀公園環繞，優雅而清凈。該寺始建于唐朝，重建于后金天聰二年(1628年)，寺內碑文有載“天聰二年復興古剎”云云，清順治元年(1644年)建成大殿、韋馱殿、兩廊。后因年久失修而洇沒。民國元年(1912年)，步真和尚主持重修，先后建山門、天王殿、配殿、鐘鼓樓、禪堂、念佛堂、兩廊、比丘壇。民國八年(1930年)最后完成大雄寶殿。

寺院坐西朝東，院內建筑分三路，占地約12600平方米，正面有山門三楹，小式硬山造，灰瓦頂。跨過山門，南側為鐘樓，北側為鼓樓，均為歇山九脊灰瓦，樓亭為二層圍廊，下為方形基座。往西則寺分三路。中路最前為天王殿，面闊三間，小式硬山造，灰瓦頂，朱紅地仗，檀枋彩畫，殿前檐下左側置木魚，右側置云版，殿內有四大天王和彌勒、韋馱塑像，殿面北兩側有卷棚式門樓。向西依次為大雄寶殿、比丘壇、藏經樓。大雄寶殿面闊五間，進深三間，廡殿頂，前后廊，檀枋彩畫，建在高臺之上。 殿內前面正中供奉三世佛，后面正中為航海觀音，南面為十八羅漢，北面為四大菩薩。比丘壇，單檐歇山前廊式，灰瓦頂，面闊三間，進深三間，正脊上裝有“法輪常轉，國泰民安”文字磚，兩端有鴟吻，垂脊上有走獸，殿內供木雕釋迦牟尼佛像。最后為藏經樓，兩層硬山前廊式，面闊七間，樓下為客廳、禪房，樓上存經卷，原藏有明正統五年(1440年)木版藏經1600卷，彌足珍貴。

寺院南路自東而西有退客寮、廚房、司房、齊堂、禪堂、法師寮、佛學院等；北路建筑有養靜寮、客堂、念佛堂、方丈室、十方堂、庫房等。全寺共有房屋135間，建筑面積達2995平方米。

慈恩寺是沈陽最大的佛寺，有“十方叢林”之稱。清朝順治五年(1648年)春末夏初，從京都押來一個南方和尚，是欽犯，法名函可，字祖心，號剩人，他就是慈恩寺最有作為的剩人和尚。和尚原是江南名士，俗姓偉，廣東博羅人，是明末禮部尚書韓日纘之子。他早年曾中秀才，29歲時父親故去，便在羅浮山落發為僧。有一次他在南京印刷藏經，正趕上清軍南下，目睹那些曾經作威作福的明朝達官貴人非逃即降，人民深受戰亂之苦，他痛心疾首，遂寫了《再變記》一書，記述了清軍進犯南京的實況。不料當他出城返寺時，此書被清兵搜出，遂成一椿要案，剩人因此被押在京師受審，后來被流放到盛京，敕住慈恩寺，成了身陷清朝文字獄的第一人。

剩人和尚在盛京和一些文人儒士交游談心，于順治七年(1650年)組織了一個“冰天詩社”，這是沈陽最早的一個文學團體。文人們常在一起吟詩作賦，相互唱和，活躍了文壇氣氛，有一年盛京從春到夏，天旱無雨，城內外瘟疫四起，死亡人數眾多，大街小巷一片蕭疏，剩人和尚率全寺僧人去郊外采摘草藥，諸家施送，勸人欽服，使許多病人轉危為安，因此他在百姓中聲譽甚高。他還在盛京許多寺廟中宣揚佛法，被奉為遼沈地區佛教開山祖師，順治十六年(1660年)，他坐化于沈陽，終年49歲，眾弟子將其遺體遷往千山，在瓔珞峰西麓修建了剩人禪師塔，并將其詩文編輯成《千山詩集》、《剩人禪師語錄》刊刻問世。

1949年以來，慈恩寺一直為省市佛教協會所在地，殿堂經過多次維修，已恢復原貌。1985年被列為沈陽市文物保護單位，1988年又被列為遼寧省文物保護單位，現為沈陽市佛教協會所在地。