能仁禪寺地處桂林市中心，占地面積1800平方米，在桂林市四個道揚中是規模較大的寺院之一，能仁寺始建于梁天監二年(503)，距今已1400多年。唐代興盛佛教，德宗時翰林學士陸贄舍宅筑基，名福業院，后改稱報國院。宋代大中祥符元年(1008)改稱承天院，政和七年(1117)改稱能仁院。元順帝至正十六年(1356)毀于兵燹，明洪武二十四年(1391)改稱為能仁教寺，正統二年(1437)重修，清乾隆二年(1737)稱能仁禪寺。

能仁寺殿宇宏偉，氣勢雄渾，四周環水，占地70余畝。寺院座北朝南，略顯長方形，主要建筑物分布于一條南北軸線及其東西兩側，山門直對天仙橋。山門往北為金則殿、大雄寶殿、華嚴閣。金剛殿前有參天銀杏兩株及磚塔一對。大殿東偏為紀念陸贄建有宣公祠，西偏為魯班殿、功德林。大殿前為鐘樓和鼓樓。寺院周圍僧房棋布，禪室羅列。共有十二禪房，僧眾百余人，為遠近聞名的大寺院。

能仁寺閱歷千載，幾經興衰，也有許多感人故事。清朝未年，一場無情大火，能仁寺又不幸被毀。當時中醫沈季良妻邱氏身披袈裟，背負韋馱佛像，手持木魚沿街三步一跪叩至外埠南當鎮化緣集資，歷經49天，終于感動富室獲得資助，重建大雄寶殿。1938年日軍入侵，能仁寺又被大火焚毀。幸存的遺址只有華嚴閣臺基與蠶皇殿。

能仁禪寺的修建工程自1980年10月正式開工。1995年4月告竣開光。

1996年10月10-15日，中國佛教協會副會長凈慧法師來桂林訪問、弘法，并在當年太虛大師兩度講經說法的能仁禪寺大雄寶殿為桂林、南寧二地數百位信眾開示《佛教的正信與正行》。1997年，能仁禪寺將原磚木結構的觀音殿改建為鋼筋混凝土結構的兩層綜合殿堂。

能仁禪寺現在的大雄寶殿坐西朝東，占用面積約500平方米，建筑主體部分還是當年道安法師主持修建的，經過近60年的風風雨雨至今已經顯得很陳舊了，雨天屋面滴漏嚴重，補不勝補。能仁禪寺常住決定在1999年重建大雄寶殿，并繼續呼吁政府進一步解決“老、大、難”問題，爭取早日收回被占用的彌勒殿和山門土地使用權，使能仁禪寺以新的姿態進入21世紀。