尼亞寺位于青海玉樹州囊謙縣，寺院創建于1228年，創建人為噶舉派十三飛人之一迦塞拉巴。后來改為薩迦派至今為止，延續七百多年。鼎盛時期出家僧眾達數百人，曾是遠近聞的佛教殊勝之地。然而，寺院到解放前夕逐漸衰敗，文革中被徹底破壞。直到政府允許興建寺廟，尼亞寺才得以重建。

1985年由江噶活佛重建寺院.2007年，堪欽土丹繞噶接任寺院主持，并擔負重建之重任。如今寺院僧眾人數日益增多，基本設施日趨完備，法會、佛事、辦學講經等基本恢復，弘法利生的事業逐步興盛。