萬佛寺原址位于海拉爾城區中心，始建于清代，至今已有兩百余年歷史。期間，寺院曾在抗戰中被毀壞，解放后人民政府和佛教界集資修繕，后又于文革中全毀。自改革開放落實宗教政策以來，寺院重建工作得到自治區各級政府的高度重視與大力支持，批準在海拉爾區北山上易地重建。萬佛寺位于內蒙古自治區呼倫貝爾市海拉爾區北郊兩河圣山旅游文化景區內，距離市區約５公里。寺院所處環境交通便利，風景如畫。巍峨壯麗、氣勢宏偉的萬佛寺，宛如一顆璀璨的明珠鑲嵌在碧草藍天之間。

萬佛寺總體設計由精于古寺建筑的懷善大和尚所定，十方善信護持，2010年動土，歷時4年竣工，總用地面積190590平方米，總建筑面積18585平方米，總占地面積 152152 平方米。

萬佛寺西面是藏傳佛教的達爾吉林寺與慈積金剛舍利塔，西南方有１：１比例興建的天竺佛陀八大圣地，此四大佛教圣域形成了一座占地八千余畝的佛教文化苑。

萬佛寺坐北朝南，中軸線上殿堂依次為三門、天王殿、大雄寶殿、法堂、八角九層重檐樓閣式萬佛寶塔，塔內供奉萬尊佛像，寶塔高聳云表，縹緲于煙霞之間，宛若圣境）。東西兩側分別是鐘樓、鼓樓、客堂、伽藍殿、藥師殿、祖師殿、地藏殿、觀音殿、云水寮、尊客寮、禪堂、上客堂等附屬建筑。大雄寶殿位于寺院中心，殿內三尊主佛，結跏趺坐于蓮花臺上，正中為釋迦牟尼佛，左側為東方琉璃世界藥師佛，右側為西方極樂世界阿彌陀佛。此三尊佛像雄偉、莊嚴、慈悲、安詳，融合了我國傳統造像及藏傳、南傳佛教造像特點。