慈云寺位于內蒙古巴彥淖爾市臨河區新華鎮，寺院距巴彥淖爾市首府所在地臨河區僅49公里，有兩條省級公路經過寺院，交通十分便利。寺院創建于1938年，一位張姓的大善人變盡家財建起的兩件土房，張善人曾預言寺院在過后將得逢大德高僧，在該寺廣傳圣教，紹隆佛祖家業，當時為漢傳佛教寺院。

1945年曾增修大雄寶殿等三座佛殿，后由于年久失修和文革破壞，三間佛殿也幾近破敗。

1982年改革開放以后，黨的宗教政策得到充分落實，寺院在市區兩級政府和廣大心中的大力指出下，由妙金老和尚在原址上建起一座430平米的觀音殿和一座88平米的山門。

2001年應廣大漢地信眾虔誠祈請，具德金剛上師玖美俄薩-遠從藏地來坐床慈云寺。

現寺院由山門、觀音殿、龍樹殿、地藏殿、米拉塔、密宗院、財神殿、二僧院和在建的本尊殿、三身殿等組成。山門為秘檐式建筑，山門正中塑大肚彌勒佛像，滿面笑容，面迎十方眾生，常“笑天下可笑之人”，常“容天下難容之事”。

慈云寺每年在農歷二月十九，五月初十和九月十九都舉行各類佛事活動。法會期間上師都會帶領寺院常住師父們為眾生誦經祈福，佛事儀軌謹嚴，法號鑼鼓激越，攝人心魄。屆時香客眾多。