靈山寺位于海南海口瓊山府城鎮北，建于宋代稱天南寺，元代改名天寧寺，明代1425年間因地震受損，后于1443年經知府程瑩辟地300畝開始重建，特別是明善慧捐財重建觀音閣及修正殿、普庵堂、四大天王等宮，其諸佛像皆金妝雕繪，寺宇充實，外觀壯麗，成為海南規模最大的一座佛教寺院。知府匾其門曰：海南第一禪林。日軍侵瓊期間，強奪“天寧寺”為戰地醫院，寺內所有珍貴文物被洗劫一空。講堂內元代“普庵銅鐘”被日軍劫運到廣州。此時正逢日本戰敗投降,才有幸逃脫劫難被追回海南，存放在“五公祠”內。“文革”浩劫，徹底摧毀了“天寧寺”。

2005年，靈山寺所在的靈山文化園因海南民源股份公司與海南靈山文化觀光有限公司發生土地使用權及地上建筑物轉讓糾紛。2007年北京銀豐投資有限公司取得了該塊土地的使用權，要求寺院搬遷，靈山寺的佛像、法務、法器等所有物品于2007年底搬至府城鎮丁村一倉庫臨時存放。

經靈山寺法師不懈努力，海口市民宗局領導、海口市政府領導的關懷下，市國土局于2009年8月將海口靈山鎮海榆東線223國道20公里處、晉文水庫西邊29061.91㎡（43.59畝）土地無償劃撥給靈山寺作為異地重建用地。由海南省委統戰部、省民宗廳與山西省委統戰部、省宗教局協調禮請的五臺山高僧海信上師主持重建工作，海信上師現任山西省佛教協會副會長、中國佛教協會常務理事，五臺山大圓照寺、中臺演教寺主持，師承能海上師、清海上師。

2011年元旦上午，在海口市靈山鎮舉行了隆重的遷址重建海口靈山寺奠基法會。前中國佛教協會副會長、山西省佛教協會名譽會長根通長老、山東省佛教協會會長明哲長老、中國佛教協會副會長、海南省佛教協會會長印順法師、海南省佛教協會副會長寬恕法師、成道法師、中國佛教協會常務理事、山西白云寺悲寂法師、四川羅漢寺素全法師、三亞南山寺當家昌厚法師等大德，與來自海南本地以及山西、浙江、四川、河南等地的眾多佛教僧眾、居士歡聚一堂，共同參加形式隆重的奠基法會儀式。